1. Vụ Khoa học công nghệ và môi trường có Vụ trưởng, một số Phó Vụ trưởng và các công chức chuyên môn, nghiệp vụ với định biên phù hợp nhu cầu công tác của Vụ theo từng thời kỳ. 2. Vụ trưởng và Phó Vụ trưởng do Bộ trưởng Bộ Xây dựng quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo quy định của Đảng và pháp luật. 3. Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Vụ Khoa học công nghệ và Môi trường, Vụ trưởng có trách nhiệm lập kế hoạch công tác cho từng giai đoạn, xác định nhu cầu biên chế; xây dựng và ban hành quy chế làm việc của Vụ; phân công nhiệm vụ, xác định rõ thẩm quyền, trách nhiệm của mỗi cá nhân trong Vụ và báo cáo Bộ trưởng. 4. Vụ trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng và pháp luật về toàn bộ hoạt động của Vụ; Phó Vụ trưởng chịu trách nhiệm trước Vụ trưởng và pháp luật về lĩnh vực công tác được phân công. 

Bộ Xây dựng đã có Quyết định 990/QĐ-BXD về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức của Vụ Khoa học công nghệ và môi trường.